協定関税の事後適用の対象
輸入申告受理前までに協定関税の適用申請をできなかった輸入者は、当該物品の輸入申告受理日から1年以内に協定関税の適用を申請できます（FTA関税特例法第9条第1項）。これを協定関税の事後適用といい、申請とあわせて、すでに納付した税額の更正を請求し、差額の還付を受けます。
原産地証明書が輸入申告後に到着した場合、輸出者が原産地証明書を遡及発給した場合、輸入申告時に協定関税の適用を漏らした場合が、事後適用の対象です。
申請期限：受理日から1年、品目分類の変更は45日
原則の期限は輸入申告受理日から1年です。輸入申告日や原産地証明書の発給日ではなく、受理日から計算します。
輸入申告時に協定関税の適用を申請しなかった輸入者が次の場合に該当するときは、当該日から45日以内に事後適用を申請できます（第9条第2項、施行令第5条第3項）。韓国関税庁は、受理日から1年を過ぎた件もこの事由に該当すれば45日以内に申請できると案内しています。
- 関税法第87条により品目分類が変更されて修正申告をする場合：修正申告をした日
- 税関長が、輸入者が申告した品目分類と異なる品目分類を適用して関税を徴収する場合：納付告知を受けた日
法律はこの期間を“3か月以内で大統領令で定める期間”と定め、施行令が45日と定めています。輸入申告受理前、または受理日から1年以内に、すでに協定関税の適用を申請した輸入者は、この45日の期限の対象ではありません。
提出書類と申請先
輸入者が準備するのは有効期間内の原産地証明書です。協定関税適用申請書と更正請求は関税士に任せれば、関税士が作成して送信します。
事後適用を申請する輸入者は、協定関税適用申請書に原産地証憑書類と、関税法施行令第34条第1項による更正請求書を添付して、税関長に提出します（施行令第5条第1項）。韓国関税庁のFTA事務処理告示は、次の書類を電子通関システムで提出するよう定めており、やむを得ない事由があると税関長が認めれば書面で提出できます（第18条第1項）。
- 協定関税適用申請書（FTA関税特例法施行規則別紙第1号書式）
- 原産地証明書：税関長が原本を求めた場合を除き、原本をスキャンした電子イメージ、または原産地証明書写し提出スタンプを押印した写しで提出できます。
- 更正請求の内容を記載した輸入・納税申告訂正申請書（輸入通関事務処理に関する告示第48条第2項）
- その他の原産地証憑書類：税関長が求める場合にのみ提出します。
韓国関税庁顧客支援センターは、これらの書類を物品を通関した税関の納税審査部署に提出するよう案内しています。書類が提出されない場合、税関長は協定関税の適用申請を却下できます（FTA事務処理告示第18条第3項）。
原産地証明書の有効期間と遡及発給
事後適用の際にそろえる原産地証明書は、輸入申告日または協定関税適用申請日を基準に、有効期間内のものでなければなりません（施行令第5条第2項）。有効期間が過ぎる前に物品が輸入港に到着していた場合は、到着した日の翌日から協定関税の適用を申請した日までの期間を、有効期間の計算から除外します。
有効期間は発給日または署名日から1年で、次の協定は別に定められています（施行令第6条第2項）。
| 協定 | 有効期間 |
|---|---|
| 米国 | 署名日から4年 |
| チリ、カナダ、ニュージーランド | 署名日から2年 |
| オーストラリア | 発給日または署名日から2年 |
| ペルー | 署名日から1年（非締約国の関税当局の管轄下で一時的に保管された場合は2年） |
| ベトナム | 発給日の翌日から1年 |
| イスラエル | 発給日または署名日から12か月 |
税関長は事後適用の書類を審査する際、原産地証明書が協定で定める遡及発給期間内に発給されたかどうかを確認します（FTA事務処理告示第19条第1項第5号）。遡及発給の期間と記載文言は協定ごとに異なり、韓国関税庁の2025 FTA頻出民願事例集は次のように案内しています。
- 韓国・シンガポールFTA：船積日から1年以内に遡及発給
- RCEP：船積日後1年以内に遡及発給
- 韓ASEAN、韓国・中国、韓国・ベトナムFTA：遡及発給した原産地証明書に“ISSUED RETROACTIVELY”と記載
- 韓印CEPA：遡及発給した原産地証明書に“ISSUED RETROSPECTIVELY”と記載
- 韓EU FTA：原産地申告書は、輸入後2年、または輸入当事者の法令に明示された期間内に提示することを条件に、輸出後に作成可能
韓EU FTAのように協定が遡及作成の期間を長く定めていても、韓国で事後適用を申請する期限は輸入申告受理日から1年です。
結果の通知と還付
更正請求を受けた税関長は、請求を受けた日から2か月以内に、協定関税の適用と税額の更正の可否を請求人に通知しなければなりません（第9条第5項）。審査の結果、妥当と認めるときは税額を更正し、納付した税額と納付すべき税額との差額を還付します（第9条第6項）。
還付には関税法第46条と第48条を準用します。税関長は関税還付金を決定して30日以内に還付し、関税還付加算金を加えて支払います。2か月以内に通知を受けられなかった場合は、その2か月となる日の翌日から、異議申立て、審査請求、審判請求、または監査院法による審査請求をすることができます（関税法第38条の3第5項）。
輸入時に原産地証憑書類が不足していた場合
原産地証明書を受け取れずに協定関税を申請せず、一般税率で納付した場合は、原産地証明書を受け取った後、受理日から1年以内に事後適用を申請します。輸出者が船積み前に原産地証明書の発給を受けられなかった場合は、協定で定める期間内に遡及発給を受けるよう依頼します。
原産地証明書が発給されていない場合や、別の協定の原産地証明書を持った状態で協定関税を申請して適用を受けた場合は、手続が異なります。
韓国関税庁の“協定関税事後適用等に関する業務処理指針”は、まず補正、修正、更正の手続で不足税額と加算税を納付して、最初の協定関税適用申請を取り消し、その後に第9条第1項により事後適用を申請するよう定めています。すでに適用を受けた協定より税率が低い別の協定に切り替えようとする場合も、同じ手続です。
海外直接購入物品
韓国関税庁顧客支援センターは、電子商取引で購入した物品が国際宅配便貨物として到着し、すでに一般税率で関税を納付した場合も、同じ手続で事後適用を申請して還付を受けられると案内しています。国際宅配便貨物の輸入通関事務処理に関する告示は、原産地証明免除対象物品に協定関税の適用を受けようとする者が、購入先（国）と価格情報が記載された購入領収書などを税関長に提出するよう定めています（第10条第4項）。
申請前に確認すること
税関長は事後適用の書類を受け取ると、次の事項を審査します（FTA事務処理告示第19条第1項）。
- 輸入申告受理日から1年以内か、品目分類の変更による申請であれば45日以内か
- 更正請求した税額の計算が正確か
- 原産地証明書が協定別の書式と作成方法に合っているか
- 遡及発給した原産地証明書が、協定で定める遡及発給期間内に発給されたか
原産地証明書に、誤字脱字のように原産地など実質に影響を及ぼさない軽微な誤りがある場合、税関長は当該書類の効力全体を否認しません（FTA事務処理告示第13条）。必要な書類が提出されないと、税関長は申請を却下できます（第18条第3項）。
出典：自由貿易協定の履行のための関税法の特例に関する法律第9条（協定関税の事後適用の申請）、同法施行令第5条（協定関税の事後適用の申請など）、第6条（原産地証明書）、同法施行規則別紙第1号書式（協定関税適用申請書）、自由貿易協定の履行のための関税法の特例に関する法律事務処理に関する告示 第13条（原産地証憑書類の軽微な瑕疵）、第18条（受理後の協定関税事後適用の申請）、第19条（協定関税事後適用申請書類の審査）、関税法 第38条の3（修正及び更正）、第46条（関税還付金の還付）、第48条（関税還付加算金）、関税法施行令第34条（税額の更正）、輸入通関事務処理に関する告示第48条（更正請求及び更正）、国際宅配便貨物の輸入通関事務処理に関する告示第10条（輸入申告など）、韓国関税庁顧客支援センターよくある質問（協定関税の事後適用）、韓国関税庁2025 FTA頻出民願事例集 事例3、4、5、19、21。2026年10月16日確認。